对于曹洞宗，从整体上看，这一时期无疑是培元固本、先天养成的最佳年代，而在其中，石头希迁则是其思想的确凿源头所在。
石头希迁，少年即在慧能大师门下得度为沙弥，按理本当成为直承大师的法子辈，惜年方十四岁，大师入灭，无所依傍。经历一番求索后，终于在青原行思处得到开悟，与行思遂由师兄弟一度而成师徒之辈，并得到另外一位“大师兄”南岳怀让的砥砺。石头希迁如此丰富而奇特的经历，可谓尽得慧能及行思、怀让两代南宗鼻祖之心要。事实上，石头本人就直截了当地宣称过这种再亲切不过的心灵意会关系，他初次谒见青原行思的机锋问答便是：
师问曰：“子何方而来？”迁曰：“曹溪。”师曰：“将得什么来？”迁答：“未到曹溪亦不失。”师曰：“恁么用去曹溪作什么？”迁答：“若不到曹溪，怎知不失。”
作为承上启下、继往开来的南宗禅思想大家，石头希迁的思想成熟、圆融，是在他中年以后由江西吉州青原山（在今江西吉安）迁往湖南南岳的时期，亦即公元八世纪的后期，他在南岳度过了后半生近半个世纪的时光。虽然僻处一隅，但是终其一生都保持了沉郁孤高、好学深思的隐者气蕴，十分注意广泛吸收前贤今人的思想资料，其中既有佛门别家非南宗、非禅宗的成份，如流行中原和江左的华严、牛头诸家，也包括道家和道教这样的外典之学。既有对当时思想界的积极回应，也显见追踪前贤、直溯历史深处的高古气质，以上诸多因缘造就了千古一石头，以致宗密在《禅源诸诠集都序》里半石头与牛头二宗并禅，同归于“泯绝无寄宗”；石头毕生结晶“回互不回互”之说，亦直接受华严宗十玄缘起以及六祖圆融思想的影响。至于说到追踪前贤，则石头读僧肇《肇论》而豁然受启发（事见《祖堂集》），就更是一个明证。应当强调的是：在公元八世纪后半期，亦即慧能以下第二代南宗禅师群体之中，石头希迁是独一无二的，这种独特性就在于：注重多方面的思想义理之间调和融会，始终涵养着一种善于兼收并蓄、长于理认整合，而稍拙于实践以及自我宣传的整体气质，而这一点，正是由马祖道一洪州宗所煽起的后期南宗禅中，所仅有的“孤例”，也就是说，在当时逐渐兴起的南宗禅那种如火如茶的呵佛骂祖氛围中，惟有石头希迁保持冷静超越的风度，对于南宗禅内外，佛门内外的各种思想养料进行着自觉的摄取，实际上恰好弥补了马祖一系单兵独进、孤军深入从而锐气有余、后劲不足之弊端，使南宗禅得以在宽阔和深刻的层面上进一步发展成为可能。
作为石头希迁的思想的结晶，其《参同契》从形式到内容堪可注意，在形式上，此文充满与道家和玄学亲切融通的气息。题目直接采之于被道教奉为“丹经王”的《周易参同契》，综观全篇，完全不说佛，不言禅，通篇却参玄论道，以“竺土大仙心”起首，以“谨白参玄人”作结，这不止在当时，就是前后历史中也属罕见，乃至印顺法师也认为，直截了当地“把禅学看作玄学，称参禅为‘参玄’似乎石头是第一人。”这与其说是石头希迁对于道家的偏爱，勿宁说体现了他对于举世滔滔狂禅潮流所热衷的南北之争、只知谈禅而完全忽视文化传承和整合这一弊端的独特态度。“回互不回互”也好，“参同”也好，实际上都是一个中心思想：即要让修禅者深刻领会万事万物之间互不相犯、各住自性同时又相入相涉、无所分别的圆融不二关系，这当然也包括对于佛教不同宗派思想所应持的态度在内。在文中，他明确地说“人根有利钝，道无南北祖”，“承言须会宗，勿自立规矩”。这既可理解为具体针对当时南北宗之争，更可以理解为石头对于马祖一系“激进派”的深重忧虑；石头本人当然是禅宗南宗这场革命的积极参与者，但对于“自立规矩”、向超越佛祖乃至呵佛骂祖的方向急剧发展这一潮流，对于当时正在普遍蔓延起来的完全否定看经坐禅的炽热倾向，这位时代的主要精神导师，充满忧虑和不安。在这里，所谓“回互”学说不仅仅是一种理论，更是这位大智者“满天风雨下西栖”的俯首沉思，是他向那个到处充满骚动不安、急欲冲决一切罗纲樊篱的大时代所发出的警示：世界是“回互”的，思想与文化同样是“回互”的——他向禅门同修者门提示着一种重视不同系统、不同层面的文他相关联系，亦即注重思想文化的继承整合，注重内在的自我规约和必要秩序的大方向。